De origenes inciertos la Iglesia de San Juan Bautista se haya sobre el promontorio del denominado barrio del Cerro. Las referencias historicas más antiguas sobre ella van unidas a la creación de la Archicofradía de la Vera Cruz, aunque la tradición popular ha adornado su historia con hechos que le dan esplendor y solemnidad a la misma iglesia y por extensión a la ciudad, entre otros dice la tradición que en este lugar hubo un templo dedicado a la Diosa Fortuna en época greco-latina y que posteriormente sobre este templo pagano se levantó la Antigua Basílica Egabrense de Santa María, Catedral de la sede episcopal de Egabro. También apunta la tradición que en su interior fue donde se veneró una imagen de la Virgen María que San Lucas había tallado y entregado al santo Hissio, evangelizador de estas tierras el cual la dejó aquí para veneración de los habitantes de este lugar. Siglos más tarde se produjo siendo obispo Arcesindo su ocultación en la sierra ante la llegada de los moros, nos referimos a la venerada imagen de la Parona de Cabra, la Virgen de la Sierra.
Durante el periodo de dominación musulmana parece ser que este fue el lugar donde se mantuvo el culto cristiano muzarabe.
Durante el periodo de dominación musulmana parece ser que este fue el lugar donde se mantuvo el culto cristiano muzarabe.
Nuestra Iglesia es conocida de forma cariñosa por los egabrenses como iglesia del Cerro o San Juan del Cerro, por estar enclavada en lo alto de un pequeño cerro y para distinguirla de la otra iglesia de San Juan, en este caso dedicada al fundador de la orden hospitalaria, San Juan de Dios.
En 1522 comienza su actividad en este templo la nueva Cofradía de la Vera Cruz, desde ese momento comienza la historia conocida de nuestra iglesia y a partir de entonces Cofradía e iglesia han pasado de la mano momentos de esplendor como el glorioso siglo XVIII en el cual la iglesia se derribó, para construirla desde los cimientos a expensas de la Cofradía, o momentos de triste decadencia como los años finales del siglo XIX cuando tras la muerte de Don José María Carrera Alguacil la iglesia perdió el culto constante que hasta ese momento se había mantenido para pasar a estar abierta en fechas y cultos concretos permaneciendo cerrada el resto del tiempo. ocasionando la decadencia de la devoción del pueblo de Cabra hacia la que hasta esos momentos había sido la Virgen de sus amores, María Santísima de los Remedios.
Arquitectónicamente se trata de un edificio con planta de salón orientado al este, dividido en tres naves separadas por arcos de medio punto sujetos por columnas de piedra blanca, columnas que la cofradía de la vera cruz adquirió para las obras que se iniciaron en 1716. La Capilla Mayor está en la cabecera de la nave central presidida por un retablo barroco con gran embocadura hacia un precioso camarín barroco donde se venera desde 1740 la imagen de María Santísima de los Remedios, antes lo había hecho (desde 1560) el Cristo de la Sangre, también titular de la Vera Cruz y parece ser que antes de esa fecha lo hacía la Virgen de los Remedios, cuyo origen es desconocido y fue sustituida por la talla actual en torno a 1780, La cabecera del Templo se completa con sendas capillas a ambos lados de la capilla mayor.
La de la izquierda está presidida por el Santísimo Cristo de la Sangre en bellísimo retablo rococó. en el lado opuesto, en dos retablos se veneran la santa Cruz, ocupando el antiguo camarín y retablo de la hermandad de la Columna y en otro más pequeño donado en 1807 por D. Cristóbal Luque y Hariza a su muerte una imagen la la inmaculada, puesto que la Dolorosa original fue robada.
El resto del templo se halla rodeado de altares, camarines y retablos en un total de seis que en otro tiempo estuvieron ocupados por todas las hermandades de la Archicofradía de la Vera Cruz, aunque actualmente la única hermandad, ya como Cofradía de Penitencia independiente que permanece en esta iglesia es la del Lavatorio, fundada en la primera mitad del XVIII en la Cofradía de la Aurora e integrada en la Vera Cruz a los pocos años de su fundación. Esta cofradía ocupa el antiguo retablo y camarín de Jesús de la Humildad y Prisión además del camarín siguiente, en el cual se venera la Virgen del Amor Fraterno.
Frente a Jesús de la Humildad en el antiguo camarín de la Santa Cruz se venera Jesús de las Penas, de la Cofradía de la Vera Cruz, en la misma nave San Pedro Mártir de Verona, cuya autoría está atribuida a Pedro de Mena, Nuestra Señora del Rocío en sus Misterios Dolorosos, titular de su Cofradía y al fondo de esta misma nave, la que encabeza el Santísimo Cristo de la Sangre, se venera el misterio del traslado al Santo Sepulcro, misterio en proceso de ejecución que pertenece a la Cofradía de la Virgen de la Piedad. Estas dos modernas Cofradías fundadas en otros templos vinieron aquí recientemente.
Frente a Jesús de la Humildad en el antiguo camarín de la Santa Cruz se venera Jesús de las Penas, de la Cofradía de la Vera Cruz, en la misma nave San Pedro Mártir de Verona, cuya autoría está atribuida a Pedro de Mena, Nuestra Señora del Rocío en sus Misterios Dolorosos, titular de su Cofradía y al fondo de esta misma nave, la que encabeza el Santísimo Cristo de la Sangre, se venera el misterio del traslado al Santo Sepulcro, misterio en proceso de ejecución que pertenece a la Cofradía de la Virgen de la Piedad. Estas dos modernas Cofradías fundadas en otros templos vinieron aquí recientemente.
